Resumen Antecedentes: El manejo humano de las plantas puede modificar los niveles y la distribución de su diversidad genética. Preguntas: ¿Cómo es la estructura filogeográfica de Crescentia alata y cómo se asocia con cambios climáticos? ¿Qué tan diversos genéticamente son los huertos y qué impacto tiene el manejo de los árboles sobre esta diversidad? Especie de estudio: Crescentia alata Kunth (Bignoniaceae). Sitio y fechas de estudio: México y Centroamérica 2009-2011. Métodos: Se evaluaron 243 individuos de 10 poblaciones de huerto y 25 poblaciones silvestres. Se identificaron haplotipos con base en seis loci de microsatélites de cloroplasto, y sus relaciones se reconstruyeron con una red de unión de medianas. Se estimaron la diversidad haplotípica y la estructuración genética con los índices R ST , G ST y AMOVA, y se evaluó la presencia de barreras geográficas. Se evaluó la hipótesis de un crecimiento demográfico con la distribución de diferencias pareadas y se proyectó la distribución geográfica potencial al Holoceno Medio, Último Máximo Glacial y Último Inter Glacial. Resultados: Se observó un patrón latitudinal de estructura filogeográfica y se detectaron barreras geográficas en la costa norte del océano Pacífico y el Istmo de Tehuantepec. Se detectó un crecimiento demográfico, probablemente asociado a condiciones ambientales glaciales. La mayoría de los árboles de huertos son tolerados y portan haplotipos compartidos con poblaciones silvestres simpátricas. Conclusiones: El manejo humano no ha modificado la estructura filogeográfica natural de C. alata y los huertos constituyen un reservorio genético donde se favorecen procesos de introgresión mediados por propagación vía semilla.

Abstract Background: Human management of plant populations can modify the amounts and distribution of their genetic diversity. Questions: What is the phylogeographic structure of Crescentia alata and how is it related to past climatic changes? What are the genetic diversity levels of homegarden populations and how are they associated to human management? Studied species: Crescentia alata Kunth (Bignoniaceae). Study site and dates: Mexico and Central America 2009-2011. Methods: We analyzed 243 trees from 10 homegarden and 25 wild populations. Chloroplast haplotypes were identified through six microsatellite loci. Haplotype relationships were reconstructed with a median-joining network. Genetic diversity and structuring were evaluated with R ST and G ST indexes and AMOVA. Geographical barriers among populations were identified with Monmonier’s algorithm. The hypothesis of historical demographic growth was evaluated through the paired differences distribution and the species potential distribution was projected onto the past during the Middle Holocene, Last Glacial Maximum and Last Inter Glacial periods. Results: A latitudinal pattern of phylogeographic structure was identified with geographical barriers in the northern Pacific Ocean and the Tehuantepec Isthmus. We detected a significant demographic growth, likely associated to glacial environmental conditions. Most homegarden trees were found to be tolerated and share chloroplast haplotypes with sympatric wild populations. Conclusions: Human management has not modified the natural phylogeographic structure of C. alata and homegarden populations represent a genetic reservoir where introgression processes are favored by seed mediated propagation.

Resumen Introducción: Existe poca evidencia de la diversidad genética y los procesos de hibridación dentro de las poblaciones de Crocodylus acutus y C. moreletii. Objetivo: Evaluar la diversidad genética y algunas relaciones filogenéticas en poblaciones silvestres y cautivas de C. acutus y C. moreletii utilizando el Sistema de Código de Barras de la vida (COX1, subunidad I del gen del citocromo C oxidasa). Métodos: Se muestrearon 28 individuos fenotípicamente similares a C. acutus ubicados en los estados de Guerrero, Oaxaca y Quintana Roo, así como animales pertenecientes a C. moreletii ubicados en los estados de Tabasco, Campeche y Quintana Roo. Se utilizaron 641 pares de bases de la secuencia de nucleótidos de la subunidad I del gen del citocromo C oxidasa para obtener el haplotipo y la diversidad de nucleótidos por población, y se realizó un análisis filogenético y de redes. Resultados: Se encontró evidencia de hibridación al observar haplotipos de C. moreletti en animales determinados fenotípicamente como C. acutus, así como haplotipos de C. acutus en animales clasificados como C. moreletti. Se observó una baja diversidad haplotípica para C. acutus (0.455 ± 0.123) y para C. moreletii (0.505 ± 0.158). Se obtuvo un árbol filogenético en el que las secuencias propias de C. acutus y C. moreletii se agruparon en dos grandes y bien definidos clados. Los organismos identificados fenotípicamente como C. acutus pero con genes de C. moreletii se separaron en un clado diferente dentro del clado de C. moreletii. Conclusiones: Existen individuos reproductores con haplotipos diferentes a los de la especie. Este estudio aporta un pequeño pero significativo avance en el conocimiento genético tanto de las especies de cocodrilos como del uso de marcadores mitocondriales, que, en este caso, el gen COX1 permitió la detección de organismos híbridos en poblaciones silvestres y cautivas. Los esfuerzos de conservación para ambas especies de cocodrilos deben evitar el cruce de ambas especies amenazadas y deben requerir la identificación genética de poblaciones puras, para diseñar estrategias de conservación efectivas considerando la posibilidad de hibridación natural en áreas de simpatría.

Abstract Introduction: There is low evidence of genetic diversity and hybridization processes within Crocodylus acutus and C. moreletii populations. Objetive: To evaluate genetic diversity and some phylogenetic relationships in wild and captive populations of C. acutus and C. moreletii using the Barcode of Life Data System (COX1, cytochrome C oxidase subunit 1 gene). Methods: 28 individuals phenotypically like C. acutus located in the state of Guerrero, Oaxaca and Quintana Roo were sampled, as well as animals belonging to C. moreletii located in the states of Tabasco, Campeche, and Quintana Roo. 641 base pairs of nucleotide sequence from COX1 were used to obtain the haplotype and nucleotide diversity per population, and a phylogenetic and network analysis was performed. Results: Evidence of hybridization was found by observing C. moreletti haplotypes in animals phenotypically determined as C. acutus, as well as C. acutus haplotypes in animals classified as C. moreletti. Low haplotypic diversity was observed for C. acutus (0.455 ± 0.123) and for C. moreletii (0.505 ± 0.158). A phylogenetic tree was obtained in which the sequences of C. acutus and C. moreletii were grouped into two well-defined clades. Organisms identified phenotypically as C. acutus but with C. moreletii genes were separated into a different clade within the clade of C. moreletii. Conclusions: There are reproductive individuals with haplotypes different from those of the species. This study provides a small but significant advance in the genetic knowledge of both crocodile species and the use of mitochondrial markers, which in this case, the COX1 gene allowed the detection of hybrid organisms in wild and captive populations. Conservation efforts for both species of crocodiles should prevent the crossing of both threatened species and should require the genetic identification of pure populations, to design effective conservation strategies considering the possibility of natural hybridization in areas of sympatry.

ABSTRACT Objective. To determine the genetic structure of drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis that circulated throughout Peru during the years 2011-2015, by using haplotypes obtained from a line probe assay. Materials and methods. A total of 6589 samples that were admitted to the Instituto Nacional de Salud for routine diagnosis using the GenoType® MTBDRplus v2 assay were analyzed during the study period. Resistant haplotypes were created by concatenating 21 polymorphic sites of the evaluated genes using the line probe assay; and the association analysis was carried out with phenotypes obtained by the 7H10 agar ratio method. Results. The most frequent mutations were: rpoB S531L (55.4%) and rpoB D516V (18.5%) for rifampicin resistance, and katG S315T (59.5%) and inhA c-15t (25.7%) for isoniazid resistance. We obtained 13 representative haplotypes (87.8% of analyzed samples), 6 corresponded to the multidrug-resistant genotype, 4 to the isoniazid mono-resistant genotype and 3 to the rifampicin mono-resistant genotype. Eighteen regions and the province of Callao showed high haplotype diversity; four showed moderate diversity and two showed low diversity. Conclusions. Most regions showed high haplotype diversity; in addition, most drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis were concentrated in the cities of Lima and Callao. Likewise, drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains circulating in Peru mainly contain the genetic markers with the highest prevalence worldwide, which are associated with resistance to rifampicin and isoniazid.

RESUMEN Objetivo. Determinar la estructura genética de las cepas drogorresistentes de Mycobacterium tuberculosis que circularon en todo el Perú durante los años 2011-2015 a través de haplotipos obtenidos de un ensayo con sondas en línea. Materiales y métodos. Se analizaron 6589 muestras que ingresaron al Instituto Nacional de Salud para el diagnóstico rutinario mediante el ensayo GenoType® MTBDRplus v2, durante el periodo de estudio. Se crearon haplotipos resistentes mediante la concatenación de 21 sitios polimórficos de los genes evaluados por el ensayo con sondas en línea, y se realizó el análisis de asociación con fenotipos obtenidos por el método de proporciones agar 7H10. Resultados. Las mutaciones de mayores frecuencias fueron: rpoB S531L (55,4%) y rpoB D516V (18,5%) para la resistencia a rifampicina, y katG S315T (59,5%) e inhA c-15t (25,7%) para la resistencia a isoniacida. Se obtuvieron 13 haplotipos representativos (87,8% de muestras analizadas) de los cuales seis correspondieron al genotipo multidrogorresistente, cuatro al genotipo monorresistente a isoniacida y tres al genotipo monorresistente a rifampicina. Dieciocho departamentos, y la provincia del Callao, presentaron una alta diversidad haplotípica; cuatro presentaron moderada diversidad y dos presentaron baja diversidad. Conclusiones. Existe una alta diversidad haplotípica en la mayoría de los departamentos, además de una concentración de las cepas de Mycobacterium tuberculosis drogorresistentes en las ciudades de Lima y Callao. Asimismo, las cepas de Mycobacterium tuberculosis con perfil drogorresistente que circulan en el Perú contienen principalmente los marcadores genéticos de mayor prevalencia a nivel mundial asociados con la resistencia frente a rifampicina e isoniacida.

Abstract Species of the genus Cinchona are recognized for their effectiveness in treating malaria. For Peru, this genus is of greater importance regarding forestry and civic aspects, because it represents the richness of the plant resource. Nevertheless, nowadays Cinchona populations are strongly threatened by various anthropogenic activities. Cutervo National Park (PNC) is the Peruvian's first Protected Natural Area (ANP) and is considered as a conservation unit for the genus Cinchona. Objective: Determine the genetic diversity and phylogenetic relationships of the species of the genus Cinchona that inhabit the PNC. Methods: We tested 13 samples using the matK marker and a phylogenetic tree was generated using the maximum likelihood method and bootstrap measures of phylogenetic support. Results: 8 number of haplotypes (h) were recorded, with haplotype diversity (Hd) 0.859 and nucleotide diversity (π) 0.35%, also identifying: C. calisaya, C. pubescens and C. pitayensis for the PNC; the phylogenetic tree showed C. pitayensis as conserved specie, meanwhile C. pubsecens is present in many groups. Conclusions: The high genetic diversity of Cinchona and haplotype record of C. calisaya, species with a national conservation category of "Vulnerable", increases the importance for biodiversity conservation of the PNC.

Resumen Las especies del género Cinchona son reconocidas mundialmente por su eficacia en el tratamiento contra la malaria. Para el Perú, este género reviste mayor importancia a los aspectos forestal y cívico, por representar la riqueza del recurso vegetal. Sin embargo, en la actualidad sus poblaciones se encuentran fuertemente amenazadas por diversas actividades antropogénicas. El Parque Nacional de Cutervo (PNC) es la primer Área Natural Protegida (ANP) del Perú y es considerado como unidad de conservación para el género Cinchona. Objetivo: Determinar la diversidad genética y las relaciones filogenéticas de las especies del género Cinchona presentes en el PNC. Métodos: Nosotros evaluamos 13 muestras empleando el marcador matK y se generó un árbol filogenético empleando el método de máxima verosimilitud con soporte de filogenia bootstrap. Resultados: 8 haplotipos fueron registrados, con una diversidad haplotípica (Hd) 0.859 y nucleotídica (π) 0.35 %, identificándose además a: C. calisaya, C. pubescens y C. pitayensis para el PNC; el árbol filogenético mostró que la especie C. pitayensis se encuentra bastante conservada, mientras que C. pubsecens se encuentra presente en distintos grupos con similitud variable. Conclusiones: La elevada diversidad genética de Cinchona y el registro del haplotipo de C. calisaya, especie con categoría de conservación nacional “Vulnerable”, incrementa la importancia para la conservación de la biodiversidad del PNC.

ABSTRACT Objective. To determine the genetic structure of drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis that circulated throughout Peru during the years 2011-2015, by using haplotypes obtained from a line probe assay. Materials and methods. A total of 6589 samples that were admitted to the Instituto Nacional de Salud for routine diagnosis using the GenoType® MTBDRplus v2 assay were analyzed during the study period. Resistant haplotypes were created by concatenating 21 polymorphic sites of the evaluated genes using the line probe assay; and the association analysis was carried out with phenotypes obtained by the 7H10 agar ratio method. Results. The most frequent mutations were: rpoB S531L (55.4%) and rpoB D516V (18.5%) for rifampicin resistance, and katG S315T (59.5%) and inhA c-15t (25.7%) for isoniazid resistance. We obtained 13 representative haplotypes (87.8% of analyzed samples), 6 corresponded to the multidrug-resistant genotype, 4 to the isoniazid mono-resistant genotype and 3 to the rifampicin mono-resistant genotype. Eighteen regions and the province of Callao showed high haplotype diversity; four showed moderate diversity and two showed low diversity. Conclusions. Most regions showed high haplotype diversity; in addition, most drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis were concentrated in the cities of Lima and Callao. Likewise, drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains circulating in Peru mainly contain the genetic markers with the highest prevalence worldwide, which are associated with resistance to rifampicin and isoniazid.

RESUMEN Objetivo. Determinar la estructura genética de las cepas drogorresistentes de Mycobacterium tuberculosis que circularon en todo el Perú durante los años 2011-2015 a través de haplotipos obtenidos de un ensayo con sondas en línea. Materiales y métodos. Se analizaron 6589 muestras que ingresaron al Instituto Nacional de Salud para el diagnóstico rutinario mediante el ensayo GenoType® MTBDRplus v2, durante el periodo de estudio. Se crearon haplotipos resistentes mediante la concatenación de 21 sitios polimórficos de los genes evaluados por el ensayo con sondas en línea, y se realizó el análisis de asociación con fenotipos obtenidos por el método de proporciones agar 7H10. Resultados. Las mutaciones de mayores frecuencias fueron: rpoB S531L (55,4%) y rpoB D516V (18,5%) para la resistencia a rifampicina, y katG S315T (59,5%) e inhA c-15t (25,7%) para la resistencia a isoniacida. Se obtuvieron 13 haplotipos representativos (87,8% de muestras analizadas) de los cuales seis correspondieron al genotipo multidrogorresistente, cuatro al genotipo monorresistente a isoniacida y tres al genotipo monorresistente a rifampicina. Dieciocho departamentos, y la provincia del Callao, presentaron una alta diversidad haplotípica; cuatro presentaron moderada diversidad y dos presentaron baja diversidad. Conclusiones. Existe una alta diversidad haplotípica en la mayoría de los departamentos, además de una concentración de las cepas de Mycobacterium tuberculosis drogorresistentes en las ciudades de Lima y Callao. Asimismo, las cepas de Mycobacterium tuberculosis con perfil drogorresistente que circulan en el Perú contienen principalmente los marcadores genéticos de mayor prevalencia a nivel mundial asociados con la resistencia frente a rifampicina e isoniacida.

Abstract The intrapopulation genetic variability of Vultur gryphus (Andean condors) from Cusco and Apurimac regions was evaluated by amplification and sequencing of mitochondrial DNA corresponding to the control region and 12S ribosomal subunit (D-Loop-RNAr12S), Cytochrome Oxidase subunit I (COI) genes and NADH dehydrogenase subunit II (ND2) gene. DNA was extracted from the calamus of feathers recollected from captive and wild specimens. The main indices of genetic diversity such as the haplotype diversity, the nucleotide diversity, the average number of nucleotide differences and the number of polymorphic sites were analyzed. The PCR amplification success rate was 100% for the three mitochondrial amplified sequences. Four haplotypes were identified from the 600 bp sequenced of D-Loop-RNAr12S region; six haplotypes from the 704 bp sequenced of the COI gene; five haplotypes from the 1090 bp sequenced of the ND2 gene. The COI gene presented the highest haplotype diversity (Hd = 0.468), the D-Loop-RNAr12S region presented the highest index of nucleotide diversity (π = 0.00086), while the COI gene presented the highest average number of nucleotide differences (K = 0.52615). The results show low levels of genetic variability in the mitochondrial genes of the Andean Condor in the study area, indicating a population with a homogeneous genetic structure.

Resumen La variabilidad genética intrapoblacional de Vultur gryphus (cóndores andinos) de las regiones de Cusco y Apurímac fue evaluada mediante amplificación y secuenciación del ADN mitocondrial correspondientes a la región control y subunidad ribosomal 12S (D-Loop-ARNr12S), y a los genes Citocromo Oxidasa subunidad I (COI) y NADH deshidrogenasa subunidad II (ND2). El ADN se extrajo a partir de cálamos de plumas de muda de ejemplares en cautiverio y silvestres. Se analizaron los principales índices de diversidad genética como son: la diversidad haplotípica, la diversidad nucleotídica, el número promedio de diferencias nucleotídicas y el número de sitios polimórficos. La tasa de éxito de amplificación mediante PCR fue de 100% para las tres regiones de ADN analizadas. Se secuenció 600 pb de la región D-Loop-ARNr12S caracterizándose cuatro haplotipos, 704 pb del gen COI caracterizándose seis haplotipos y 1090 pb del gen ND2 caracterizándose cinco haplotipos. El gen COI presentó el mayor valor de diversidad haplotípica (Hd = 0.468), la región del gen D-Loop-ARNr12S presentó el mayor índice de diversidad nucleotídica (π = 0.00086), mientras que el gen COI presentó el mayor número promedio de diferencias nucleotídicas (K = 0.52615). Los resultados muestran bajos niveles de variabilidad genética en los genes mitocondriales de los cóndores andinos de la zona de estudio, que indicarían una población con estructura genética homogénea.

Alien species represent a threat to native biodiversity. The success of invasive species despite their reduced genetic diversity is known as “the genetic paradox”. The American mink (Neovison vison) was introduced in several regions of the world, like Europe, Asia and South America. In Argentina, they were introduced in the 1930’s by the fur industry and wild populations were established in Patagonia due to liberations and escapes. In this study, we analyzed the genetic diversity of a wild American mink population of northern Santa Cruz province and compared it with a captive population. We sequenced a 359-bp fragment of the mtDNA control region and found that genetic variability was similar between both groups. Like in other wild invasive populations, genetic variability was not reduced in the population of Santa Cruz, probably as a consequence of frequent releases and escapes from different sources of captive minks.

Las especies invasoras constituyen una amenaza para la biodiversidad nativa. El éxito de las especies invasoras pese a su baja variabilidad genética se conoce como “paradoja genética”. El visón americano (Neovison vison) fue introducido en varias regiones del planeta como Europa, Asia y América del Sur con fines peleteros. En Argentina fue introducido en la década de 1930 y, como resultado de la liberación de individuos en la naturaleza, lograron establecerse poblaciones silvestres en la región Patagónica. El objetivo del presente trabajo es estudiar la diversidad genética de una población asilvestrada de la provincia de Santa Cruz y compararla con la de una población en cautiverio. Analizamos un fragmento de 359 pb de la región control de ADN mitocondrial y encontramos índices de variabilidad similares entre la población silvestre y la población cautiva. Al igual que en poblaciones asilvestradas de otras regiones del planeta, no se observa una reducción en la variabilidad genética en la población silvestre de Santa Cruz, probablemente como consecuencia de liberaciones y escapes recurrentes desde diversas fuentes de cautiverio.

Abstract: Background and Aims: Guarianthe skinneri is a native orchid from Chiapas, Mexico, with a Central American distribution, which is threatened by extraction and illegal trade. For this reason, it is classified as threatened in the Mexican rule NOM-059-SEMARNAT-2010. In the region of Soconusco (Chiapas, Mexico) and Guatemala, it is commonly called “Candelaria”, because its flowering time coincides with the dates of the virgin of the same name. In Tapachula city (Chiapas, Mexico), it is common to find plants of this species in the courtyards of private gardens. The objective of this work was to estimate the diversity and genetic structure of G. skinneri from samples obtained from an urban population of Tapachula and from its comparison with five wild populations of Guatemala, in order to determine the potential of the urban population as a source of propagules and understand if genetic distance between populations could be related with the geographic distance that separates them. Methods: Nucleotidic variation in sequences of two regions of ribosomal nuclear DNA (ITS 1-2 and ITS 3-4) was used as genetic marker. The sequences were concatenated obtaining the conventional parameters of diversity and genetic structure. Key results: We observed populations with low and high genetic diversity. A total of 38 haplotypes were observed, whose number per population was between 1 and 15. Haplotidic diversity (Hd) was between 0 and 1, the average number of polymorphic sites was between 0 and 165. The nucleotidic diversity (π) and the average number of nucleotidic differences shows that Tapachula had the greatest diversity, followed by populations of Guatemala. The genetic structure was moderate (Fst=0.083) and the genetic distance was not associated with the geographic distance of the populations. Conclusions: The diversity patterns and genetic structure between populations were attributed to anthropogenic factors derived from its ornamental use, especially in the city of Tapachula.

Resumen: Antecedentes y Objetivos: Guarianthe skinneri es una orquídea nativa de Chiapas, México, con distribución centroamericana, objeto de extracción y comercio ilícito; por esta razón, está catalogada como amenazada en la Norma Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010. En la región del Soconusco (Chiapas, México) y Guatemala, se le denomina “Candelaria”, debido a que su época de floración coincide con las fechas de la homónima virgen. En la ciudad de Tapachula (Chiapas, México), es común encontrar individuos de esta especie en los patios de domicilios particulares. El objetivo de este trabajo fue estimar la diversidad y estructura genética de G. skinneri a partir de muestras obtenidas de una población urbana de Tapachula y de su comparación con cinco poblaciones silvestres de Guatemala, para determinar el potencial de la población urbana como fuente de propágulos y averiguar si la distancia genética entre poblaciones se relaciona con la distancia geográfica que las separa. Métodos: Como marcador genético se utilizó la variación nucleotídica en secuencias de dos regiones de ADN nuclear ribosomal (ITS 1-2 y ITS 3-4). Se concatenaron las secuencias y se obtuvieron los parámetros convencionales de diversidad y estructura genética. Resultados clave: Se observaron poblaciones desde bajos hasta altos niveles de diversidad genética. Se registró un total de 38 haplotipos cuyo número entre poblaciones osciló entre 1 y 15. La diversidad haplotípica (Hd) estuvo entre 0 y 1, el número promedio de sitios polimórficos entre 0 y 165. La diversidad nucleotídica (π) y el número promedio de diferencias nucleotídicas muestran que Tapachula tuvo la mayor diversidad, seguida por poblaciones de Guatemala. La estructura genética fue moderada (Fst=0.083) y la distancia genética no se asoció con la distancia geográfica de las poblaciones. Conclusiones: Los patrones de diversidad y estructura genética entre poblaciones se atribuyen a factores antropogénicos derivados de su uso ornamental, especialmente en la ciudad de Tapachula.

Abstract Background: Meristotheca cylindrica is a red alga distributed in the Campeche coast, usually misidentified by the morphological variation spectrum exhibited in its populations. Objectives: We proposed to evaluate the genetic variation and its relationship with morphological variation in M. cylindrica populations, to describe the possible genetic structure and its haplotypic distribution and to determine possible speciation events. Methods: We measured genetic variation, distances and structure of 45 individuals of M. cylindrica from five populations of Campeche, using DNA sequences of the spacer regions of RuBisCo and cox2-3. Additionally, phylogenetic analyses were performed considering sequences of Solieriaceae species available in the GenBank. A statistical analysis covering 30 morphological characters was performed on 10 herbarium specimens. Results: The RuBisCo spacer region revealed four interconnected haplotypes (R1-R4), as well as moderated genetic diversity parameters (Hd= 0.46458, π= 0.00785). Phylogenetic analysis showed a single monophyletic group that included all haplotypes. The cox2-3 spacer region revealed nine haplotypes (C1-C9) structured in the GI and GII groups, as well as elevated parameters of genetic diversity, distances and differentiation (Hd = 0.81, π = 0.06476; >10% of differences; ΦPT and FST> 0.35). Phylogenetic analysis showed two monophyletic groups congruent with GI and GII. Analysis of variance showed morphological homogeneity among populations. Conclusions: Findings suggest a speciation event is currently occurring in M. cylindrica.

Resumen Antecedentes: Meristotheca cylindrica es un alga roja distribuida en las costas de Campeche, comúnmente mal identifi cada por el espectro de variación morfológica que exhibe en sus poblaciones. Objetivos: Se propuso evaluar la variación genética y su relación con la variación morfológica en las poblaciones de M. cylindrica, describir la posible estructura genética y su distribución haplotípica así como determinar posibles eventos de especiación. Métodos: Para 45 individuos de M. cylindrica, procedentes de cinco poblaciones de Campeche, se amplificaron vía PCR las regiones espaciadoras de RuBisCo y de cox2-3 con la finalidad de estimar medidas de diversidad, distancia y estructura genética. Adicionalmente, se realizaron análisis filogenéticos considerando secuencias de especies de la familia Solieriaceae provenientes del GenBank. A partir de 10 especímenes de herbario, se realizó un análisis múltiple de varianza considerando 30 caracteres morfológicos. Resultados: La región espaciadora de RuBisCo reveló cuatro haplotipos interconectados (R1-R4), así como parámetros moderados de diversidad genética (Hd= 0.46458, π= 0.00785). El análisis filogenético mostró un único grupo monofilético que incluyó a todos los haplotipos. La región espaciadora de cox2-3 expuso nueve haplotipos (C1-C9) estructurados en los grupos GI y GII, así como parámetros elevados de diversidad, diferenciación y distancia genética (Hd=0.81, π =0.06476; ΦPT, FST>0.35; >10% de diferencias). El análisis filogenético evidenció dos grupos monofiléticos congruentes con GI y GII, mientras que el análisis de varianza mostró homogeneidad morfológica entre las poblaciones. Conclusiones: Se sugiere un evento de especiación en curso para M. cylindrica.

The chub mackerel, Scomber japonicus supports an important fishery in the Southeast Pacific, however, its population genetics is currently unknown. In the present study, we examined the genetic structure, the gene flow and the historical demography of this species in the Northern Humboldt Current System. Samples were collected during summer of years 2013-2014 from three fishing points (Paita, Ventanilla and Ilo), covering 12 degrees of latitude along the coast of Peru. A 532 bp segment of the mitochondrial control region was sequenced in 72 individuals, which allowed us to detect a total of 29 polymorphic sites, 35 haplotypes, moderate-to-high levels of haplotype diversity (0.793 - 0.969) and very low levels of nucleotide diversity (0.004 - 0.008). Gene flow analysis showed high levels of connectivity among populations in the sampling areas. Analysis of molecular variance (ФST = 0.00868, P = 0.1837), population pairwise ФST comparisons and genetic differentiation tests confirmed the lack of genetic structuring among the three localities. These analyses suggest that sampling sites analyzed can be considered as a single gene pool. Migratory behavior, the high dispersal potential of early stages and the lack of oceanographic barriers may explain its genetic homogeneity along the Peruvian sea. Historical demography was also examined. Neutrality tests, mismatch distribution and Bayesian skyline plot suggested a population expansion scenario that took place during the Late Pleistocene. This study provides novel information on population genetics of the chub mackerel in the Southeast Pacific.

La caballa, Scomber japonicus soporta una pesquería importante en el Pacífico Sudeste, sin embargo, su genética de poblaciones se desconoce actualmente. En el presente estudio se examinó la estructura genética, el flujo génico y la demografía histórica de esta especie en la parte norte del Sistema de la Corriente de Humboldt. Las muestras fueron colectadas en los veranos del 2013 y 2014 en tres puntos de desembarco de pesca (Paita, Ventanilla e Ilo) cubriendo 12 grados de latitud frente a la costa peruana. Se secuenció un segmento de 532 pb de la región control mitocondrial en 72 individuos, el cual permitió detectar un total de 29 sitios polimórficos, 35 haplotipos, niveles moderados altos de diversidad haplotípica (0.793 - 0.969) y muy bajos niveles de diversidad nucleotídica (0.004 - 0.008). El análisis de flujo génico mostró altos niveles de conectividad entre las poblaciones en las áreas de muestreo. El análisis de varianza molecular (ФST = 0.00868, P = 0.1837), las comparaciones ФST a pares de poblaciones y las pruebas de diferenciación genética confirmaron la carencia de estructuración genética entre las tres localidades. Estos análisis sugieren que los sitios de muestreo analizados pueden ser considerados como un solo grupo genético. El comportamiento migratorio, el alto potencial de dispersión de los estadios tempranos de desarrollo y la ausencia de barreras oceanográficas pueden explicar su homogeneidad genética a lo largo del mar peruano. También se examinó la demografía histórica. Las pruebas de neutralidad, la distribución mismatch y el Bayesian Skyline Plot sugirieron un escenario de expansión poblacional que tuvo lugar durante el Pleistoceno Superior. Este estudio provee información nueva con respecto a la genética de poblaciones de la caballa en el Pacífico Sudeste.

Abstract: Deforestation causes fragmentation of habitats, which in turn affects the composition, abundance and demography of species, and therefore the population isolation of many species. The impacts of fragmentation will depend on the responsiveness of the species to disturbances in their habitat, and the configuration and structure of landscape. In some populations, habitat fragmentation can cause long-term population isolation by the reduction in population size and the weakening of relations between individuals, even in highly mobile species like bats. In Mexico, A. jamaicensis is the most studied bat; however, few studies focused on the knowledge of the impacts of habitat modification in its diversity and genetic structure. Therefore, the objective of this study was to evaluate the diversity, structure and genetic differentiation, and analyze demographic history of A. jamaicensis in two different habitats, using a 396 bp fragment of the mitochondrial D-loop region. Haplotype network revealed 34 unique haplotypes of 34 individuals analyzed. Haplotype diversity was high (h = 1) for both populations, and nucleotide diversity was relatively low (< 0.03). The analysis of the distribution of pairwise differences between sequences and negative values of statistical tests based on neutrality suggest a process of recent and sudden demographic expansion of A. jamaicensis. A moderate genetic differentiation points to the existence of genetic structure of A. jamaicensis.

Resumen: La deforestación de las selvas provoca la fragmentación de los hábitats, lo cual interviene en la composición, abundancia y demografía de las especies, y por lo tanto, en el aislamiento poblacional en muchas especies. Los impactos de la fragmentación dependerán de la capacidad de respuesta de las especies a los disturbios en su hábitat, y de la configuración y estructura del paisaje. En algunas poblaciones, la fragmentación del hábitat puede provocar el aislamiento poblacional a largo plazo, por la reducción del tamaño poblacional y el debilitamiento de relaciones entre individuos, aún en especies de alta movilidad como los murciélagos. En México, A. jamaicensis es de los murciélagos más estudiados; sin embargo, son pocos los trabajos enfocados en conocer los impactos de la modificación de su hábitat, en su diversidad y estructura genética. Por lo tanto, el objetivo de este trabajo fue evaluar la diversidad, la estructura y la diferenciación genética, así como analizar la historia demográfica de A. jamaicensis en dos hábitats diferentes, utilizando un fragmento de 396 pb de la región mitocondrial D-loop. La red de haplotipos reveló 34 haplotipos únicos de 34 individuos analizados. La diversidad haplotípica fue alta (h = 1) para ambas poblaciones, y la diversidad nucleotídica fue relativamente baja (< 0.03). El análisis de la distribución de diferencias nucleotídicas pareadas (distribución mismatch), y los valores negativos de los estadísticos basados en pruebas de neutralidad, sugieren un proceso de expansión demográfica reciente y repentina de A. jamaicensis. Una moderada diferenciación genética apunta a que existe estructura genética de A. jamaicensis.

Los polimorfismos en el gen dopamina p-hidroxilasa (DBH) se asocian con el temperamento en los bovinos. En 16 animales de la raza criolla colombiana Blanco Orejinegro (BON), 20 Brahman (BRA) y 16 de Ganado de lidia (GLI), se evaluaron los polimorfismos del exón xii del gen DBH mediante secuenciación. Se encontraron 13 haplotipos, 6 en BON, 9 en BRA y 2 en GLI. El haplotipo H2 fue el más frecuente (0,615) y se encontró en las tres razas, mientras los haplotipos H6 y H9 fueron compartidos entre BON-BRA y BRA-GLI, respectivamente. La mayor diversidad genética (DG: 0,915 ± 0,04) y nucleotídica (DN: 0,011 ± 0,006) se encontró en la raza BRA, seguida por BON (DG: 0,700 ± 0,12; DN: 0,008 ± 0,004) y GLI (DG: 0,350 ± 0,14; DN: 0,0011 ± 0,001). Si bien el test de D-Tajima fue mayor que cero, no fue significativo (P > 0,05) en BON y BRA, pero en la raza GLI presentó un valor de -1,92 (P < 0,05). El análisis de varianza molecular mostró una variación entre las razas de 23,9% y una estructura poblacional (F^) de 0,23 (P < 0,001). Los mayores valores del coeficiente de coancestría se presentaron entre GLI y BRA (0,52) y entre GLI y BON (0,22). Se concluye que la raza GLI tiene baja diversidad en el gen DBH en comparación con las razas BON y BRA, que hay efectos de la selección natural en BON y BRA mientras que en la raza GLI se evidencia un barrido selectivo reciente y no a favor del temperamento.

Polymorphisms in the dopamine p-hydroxylase gene (DBH) have been associated with temperament in cattle. In 16 animals of Colombian creole breed Blanco Orejinegro (BON), 20 Brahman (BRA) and 16 fighting bulls (GLI), polymorphisms of exon xii of the DBH gene were evaluated by sequencing. 13 haplotypes were found, 6 in BON, 9 and 2 in BRA and GLI respectively. Haplotype H2 was the most frequent in the whole population (0,615) and it was found in all breeds. Haplotypes H6 and H9 were shared between BON-BRA and BRA-GLI, respectively. The greatest value of genetic (DG: 0.915 ± 0.04) and nucleotide (DN: 0.011 ± 0.006) diversity, was found in BRA, followed by BON (DG: 0.700 ± 0.12; DN: 0.008 ± 0.004) and GLI (DG: 0.350 ± 0.14; DN: 0.0011 ± 0.001). The D-Tajima test was greater than zero, but not significant (P > 0.05) in BON and BRA, GLI presented a value of -1.92 (P < 0.05). The analysis of molecular variance showed a variation between the breeds of 23.9% and a poblacional structure (F$t) of 0.23 (P < 0.001). The highest values of the coancestry coefficient were presented between GLI and BRA (0.52) and between GLI and BON (0.22). It is concluded that the GLI race has low diversity in the DBH gene compared to BON and BRA, that there are effects of neutral selection in BON and BRA breeds, whereas, in the GLI and not in favor of temperament.

Abstract The genetic diversity of the coffee pathogen Hemileia vastatrix was analyzed by sequencing the internal transcribed spacer (ITS) of ribosomal DNA. The analysis was carried out using samples of rust pustules from 12 properties of two coffee areas in Peru, Quillabamba (Cusco) and Villa Rica (Pasco). Haplotype diversity indexes were found and the similarities among the populations analyzed were determined using a haplotype network. From the analysis, it was determined that both producing regions presented high values of genetic diversity, but Quillabamaba harbored the highest haplotype diversity of H. vastatrix (Hd = 0.977 +/- 0.012). In addition, the haplotype network showed the structure of H. vastatrix populations for these two areas, which behave as a large undifferentiated population with the presence of ancestral haplotypes from which new variants of the fungus were generated. We also analyzed the sequences of the ITS region of H. vastatrix collected in Peru and those reported in the GenBank, but we did not find any distribution of the populations by geographic region; it was also suggested that the populations of Peruvian rust presented haplotypes similar to those from Colombia and races II and XXII.

Resumen Se analizó la diversidad genética del patógeno del café Hemileia vastatrix, a través de secuenciación de los espaciadores internos transcribibles del ADN ribosomal (ITS). El análisis se realizó en muestras de roya de 12 predios de dos zonas cafetaleras del Perú, Quillabamba (Cusco) y Villa Rica (Pasco). Se hallaron los índices de diversidad haplotípica y nucleotídica. Además, se determinaron las semejanzas entre las poblaciones analizadas por medio de una red de haplotipos. Del análisis, se determinó que ambas regiones productoras presentan valores altos de diversidad genética; sin embargo, la zona de Quillabamba albergó la mayor diversidad haplotípica de H. vastatrix (Hd = 0.977+/- 0.012). Asimismo, la red de haplotipos permitió evidenciar la estructura de las poblaciones de H. vastatrix para cada zona, las que juntas se comportan como una gran población indiferenciada con presencia de haplotipos ancestrales a partir de los cuales se fueron generando nuevas variantes del hongo. También, se analizaron las secuencias de la región ITS de H. vastatrix peruanas y las almacenadas en el GenBank, no encontrándose distribución de las poblaciones por región geográfica; además, se determinó que las poblaciones de H. vastatrix peruanas presentan haplotipos similares a los de Colombia y a las razas II y XXII.

Mormoops megalophylla is a cave-dwelling bat distributed from southern United States across Central America to northern Peru. Its conservation status at a global level is of Least Concern, according to the IUCN Red List of Threatened Species; in Ecuador, however, it is included under the Vulnerable category due to the threats faced by the only two viable populations known. Individuals from each locality (Carchi and Pichincha) were captured and marked. The D-loop of the mitochondrial control region was obtained from wing membrane tissue samples, in order to analyze the geographic distribution of nucleotide and haplotype diversity of the populations, as well as gene flow between them. The molecular variation within and between populations was evaluated through a molecular variance analysis. A high haplotype diversity and a low nucleotide diversity were observed. The gene-flow estimator revealed that Carchi and Pichincha make up a single population coming from a single lineage. The network of haplotypes indicated that those with the highest frequency are shared in both localities; the largest number of unique haplotypes, however, was observed in Pichincha. The high haplotype diversity and low nucleotide diversity values in Ecuador are due to the fact that the ghost-faced bat populations may have experienced a fast-growing period from a low effective population size, with sufficient time to accumulate haplotype diversity, but insufficient to increase nucleotide diversity. The low genetic variability between both localities indicates the existence of a panmictic population that may have been split by factors such as habitat transformation, leading to isolated colonies. The preservation of this vulnerable species will depend on conservation efforts and studies that seek to supplement the analysis of genetic variability with other molecular markers, a continued monitoring of migratory processes, and inventorying of intermediate sites and localities with historical records.

Mormoops megalophylla es un murciélago cavernícola distribuido desde el sur de Estados Unidos a través de Centroamérica hasta el norte de Perú. Su estado de conservación a nivel mundial es de Preocupación Menor, de acuerdo a la Lista Roja de Especies Amenazadas de la IUCN. Sin embargo, en Ecuador se encuentra en la categoría de Vulnerable debido a las amenazas que se enfrentan las únicas dos poblaciones viables reconocidas. En cada localidad (Carchi y Pichincha) los individuos fueron capturados y marcados. A partir de muestras obtenidas de tejido de la membrana alar, se analizó el D-Loop de la región control de la mitocondria, con el fin de analizar cómo se distribuye geográficamente la diversidad nucleotídica y haplotípica de las poblaciones, así como el flujo genético entre las mismas. Se evaluó la variación molecular dentro y entre las poblaciones a través de un análisis de varianza molecular. Se halló una diversidad haplotípica alta y nucleotídica baja. El estimador de flujo génico determinó que Carchi y Pichincha conforman una sola población proveniente de un único linaje. La red de haplotipos indicó que aquellos de mayor frecuencia están compartidos en ambas localidades; sin embargo, se observa mayor número de haplotipos únicos en la localidad de Pichincha. Los valores de diversidad haplotípica alta y nucleotídica baja en Ecuador se deben a que las poblaciones del murciélago rostro de fantasma pudieron haber atravesado un período de crecimiento rápido a partir de un tamaño efectivo poblacional bajo, con suficiente tiempo para acumular diversidad haplotípica, pero insuficiente para aumentar la diversidad nucleotídica. La poca variabilidad genética entre ambas localidades indica la existencia de una población panmíctica que se puede haber visto dividida por efectos como la transformación de hábitat dejando a las colonias aisladas. La preservación de esta especie vulnerable dependerá de esfuerzos de conservación y estudios que busquen complementar el análisis de variabilidad genética mediante otros marcadores moleculares, continuar el monitoreo de procesos migratorios e inventarios de sitios intermedios y en las localidades con registros históricos.

RESUMEN Objetivo . Estimar la diversidad genética de Anadara tuberculosa en cinco manglares de Tumaco Nariño, Colombia utilizando como marcador molecular mitocondrial la subunidad I de la citocromo oxidasa (COI). Materiales y métodos. Se colectaron en total 50 individuos de los manglares San Jorge, La Tiburonera, El Pajal, La Playa y Bajito Vaquería, tomando 10 ejemplares al azar de cada zona. La muestra de tejido se fijó con alcohol absoluto a temperatura ambiente en microtubos. Se extrajo y amplificó el ADN mitocondrial mediante la técnica de PCR (Polymerase Chain Reaction). Los productos de PCR amplificados y cuantificados se secuenciaron por ambos lados (Macrogen). Una vez se obtuvo las secuencias, se editó y alineo cada secuencia. Posteriormente, se midió los parámetros de diversidad genética (haplotípica y nucleotídica) y se elaboró el análisis de distribución entre pares de frecuencias (Mistmach distribution). Finalmente se efectuó el análisis de variación nucleotídica y la estructura poblacional (AMOVA). Resultados. El gen amplificado tuvo una longitud de 710 pb. La diversidad haplotípica reportada para todas las poblaciones fue alta (0.683±0.060) y la diversidad nucleotídica reportada fue baja para todas las poblaciones (0.040±0.020). Los resultados del AMOVA indican que la varianza entre poblaciones es baja (4.20%) y la varianza dentro de las poblaciones es alta (95.80%). Conclusiones. Las poblaciones estudiadas no se encuentran estructuradas y a pesar de la disminución de los bancos naturales de las poblaciones de Anadara tuberculosa, se estima que la diversidad genética es alta.

ABSTRACT Objective . To estimate the genetic diversity of the Anadara tuberculosa en five mangrove swams of Tumaco, Nariño, Colombia using as a mitocondrial molecular marker the cytochromo oxidase sub-unit I (COI). Materials and methods. A total of 50 individuals were collected from the San Jorge, La Tiburonera, El Pajal, La Playa y Bajito Vaquería mangrove swamps, randomly selecting 10 specimens of each zone. The tissue sample was worked with absolute alcohol at ambient temperature in microtubes. DNA was extracted, and the mitocondrial DNA was amplified using the PCR technique (polymerase chain reaction). The amplified and quantified products of PCR were sequenced on both sides (Macrogen). Each one of the obtained sequences was edited and aligned. Later, the parameters of genetic diversity (haplotypical and nucleotidical) were measured, and the analysis of distribution between frequency pairs (Mistmach distribution) was elaborated. Finally, the analysis of nucleotidic variation and population structure (AMOVA) was completed. Results. The amplified product gene weighed 710 bp. The haplotypical diversity reported for all the populations was high (0.683±0.060) and the reported nucleotídical diversity was low for all the populations (0.040±0.020). The AMOVA results indicate that the variance amongst populations is low (4.20%) and that the variance within populations is high (95.80%). Conclusions. The studied populations are not structured and although there is a decrease of natural banks, the genetic diversity is high.